斯坦福大学医学院科学写作课程笔记

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引言

好文笔的标准

基础层次（初稿阶段）：清楚、有效（clearly, effectively）
提升层次（修改阶段）：优雅、时尚（elegant, stylish）

如何写好文章

整体上：

  • 明确要表达的想法
  • 阐述要有逻辑性
  • 有一定的写作规则

如何修炼

  • 专注读好的文章，并试着模仿
  • 写作实践
  • 破除固有的写作习惯
  • 在写文章前先尝试去给别人讲
  • 试着让读者感兴趣
  • 不要等到所谓的灵感，那只是拖延
  • 认知上接受写作并不容易
  • 修改！花大时间修改
  • 大胆删减无用的词句！
  • 让别人（最好是外行）来给你做编辑
  • 大胆尝试用有趣的手法写作

三个修改方向：

  1. 删减无用字词
  2. 被动变为主动
  3. 名词变动词

句子层次写作

删减无用字词

  • 空泛、无实际作用的词：比如，”as it is well known”
  • 相同意思的长词句用短句替代
  • 不必要的缩写和行业术语
  • 重复的词句表达
  • 无意义的副词，比如，”very, really, …”
  • 转化否定为肯定表达：”not harmful => safe”
  • 不用there is/are表达
  • 不必要介词

结束语：

I have only made this letter rather long because I have not had time to make it shorter.

练习：

  • “… has been estimated …”可以去掉，直接表明主体意思。
  • “… not only … but also” => “besides …, …”
  • “As we can see from Fig.X, …” => “Fig.X shows …”

使用主动语态

主动语态(active voice)结构：agent + verbs + recipient
使用主动语态的好处：

  • 强调作者责任
  • 增加可读性
  • 减少歧义

但被动语态(passive voice)也并非完全无用，存在即合理。建议在论文的重要部分，如结果、讨论优先使用主动语态，方法部分可以使用被动语态。
使用主动语态不可避免使用主语”I or we”，这是可以的！用”I or we”不会让你的论文变得不客观，反而可以让你论文更容易阅读，也更能体现对论文负责的态度。

After all, human agents are responsible for designing expreriments, and they are present in the laboratory; writing awkward phrase to avoid admitting their responsibility and their presence is an odd way of being objective.

The style guidelines of Science :

Use active voice when suitable, particularly when necessary for correct syntax …

Watson和Crick 1953年发表在 Nature 上的DNA双螺旋结构论文开篇：

We wish to suggest a structure for the salt of deoxyribose nucleic acid (D.N.A.).

并且通篇使用”We”进行陈述。记得本科细胞生物学课老师还让翻译过这篇论文，是时候翻出来看看学习学习写作了。A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid

使用动词

“verbs make sentence go!”

  • 选择正确的动词
  • 不要把动词名词化表达
    • provide a review of => review
    • offer confirmation of => confirm
    • make a decision => decide
    • shows a peak => peaks
    • provide a description of => descript
  • 不要埋藏主要动词：主要动词要摆在句子前部

Grammar tips

  • data are, not data is (在通常情况下)
  • affect/effect, 做“影响”意思时，affect为动词，effect为名词。affect … or have effect on …
  • compare to/with
    • compare to, 指出两者相似性
    • compare with, 指出差异性
  • that/which
    • … that, 用于必要限定
    • … which, 用于非必要限定

标点符号的使用

正确使用标点符号能让句子更优美。

  • comma: 逗号的分割能力最弱，表示短暂的停顿。
  • colon: 冒号用来介绍、解释或者拓展，亦可用来引用。
  • dash: 破折号的使用较为随意，可以放到句子的任何地方，来强调或者增加定义、描述等信息。
  • parentheses: 括号用于插入解释或者补充。
  • semicolon: 分号用于连接两个独立的部分；特别是当独立的部分含有标点符号时，必须要到分号进行分隔。
  • period: 句号的分割能力最强，表示完全停止。

在使用并列句式时，要注意并列的部分结构要相同。

段落层次写作

Paragraphs tips

一个段落应该仅表达一个主题，保持简短和集中。表明主旨的句子应该放到段落的开头，让读者快速理解段落的大意。

让段落流畅的技巧

  • 逻辑流畅：
    • 时间序列陈述
    • 由面到点，举例说明
    • 逻辑论证，if …, therefore, …
  • 并列句式
  • 转折词过渡：AND/BUT，不用很花里胡哨

Reader remembers the first sentence and last sentence best. Make the last sentence memorable. Emphasis at the end!

段落修改

在段落修改中，可以先将段落中的每个句子要表达的意思总结出来，然后整体分析，重新组织段落逻辑，然后再进行句子层面的修改。

Other tips

  • “it is OK to repeat words”
  • Acronyms/Initialisms:
    • 在整篇文章中要保持相同的形式
    • 缩写要规范
    • 要定义说明缩写含义

写作过程

将写作过程分为三大步骤：准备、初稿、修改，可以提高写作效率。

  1. Prewriting （投入70%工作量）
    • 收集、整理、组织要用到的所有信息，包括细节
    • 列出提纲
  2. First writing （投入10%工作量）
    • 将想法和事实按照逻辑写成有序的文章
  3. Revision （投入20%工作量）
    • 按照学到的写作规则进行修改
    • 找其他人修改反馈

准备

  • 收集文章可能用到的所有材料信息，包括结果数据，引用，想法等一切细节。
  • 有条理的将这些信息组织起来，保证能够在需要的时候及时获取；可以先设计一个这样的通用系统。
  • 设计提纲：理顺文章整体的逻辑和主要模块。
  • 头脑风暴：在头脑放松的时间去思考如何组织文章，如何表述想法，可能会得到意外的收获。
  • 主题集中，不要分散（not Bait-and-Switch）。

初稿

  • 不要做一个完美主义者：不要想着一次成型。
  • 初稿阶段仅仅是将主旨想法和结果按照一定的逻辑和正确的次序写下来，不要去抠句子的细节。
  • 这样可以快速完成初稿写作，提高写作效率。

修改

  • 读出来：“the brain processes spoken words differently than the written words”
  • 检查动词：
    • lackluster verbs: there is/are …
    • passive verbs
    • buried verbs
  • 删减：
    • Dead weight words
    • Enmpty words
    • Long words to shorter
    • 行话/缩写
    • 重复表达
    • 副词
  • organizational review: 总结每段话的意思，在整体上把握文章逻辑。
  • 找其他人反馈：易读？有趣？
  • 寻求编辑

最后的检查

  • 一致性检查：
    • 前后表述一致性
    • 数字一致性：图表数字，引用数字
  • 引用检查：
    • citation propagation: 引用传播问题，确保引用一手资料。

科学手稿写作

本节讨论科学手稿写作的具体过程。从头开始写论文是一件困难的事情，将写作任务分解成可行的小任务是不错的选择。
论文推荐写作顺序：

  1. Tables and figures: 图表是论文的核心，也是读者（包括审稿人）重点关注的地方。
  2. Results：结果部分就是对图表的阐述。
  3. Methods
  4. Introduction
  5. Discussion：讨论是对论文的总结，是最复杂的部分，放在后面完成。
  6. Abstract：全文写作完成后，更好的把握摘要写作。

Tables and figures

图表是论文的基础，应该能够独立向读者展示整篇论文的故事。要注意图表中不能出现重复数据，用尽量少的图表展示结果。图一般展示数据的趋势和模式，给人以直观的视觉冲击；而表格用于展示精确的数值，或者较为复杂的数据。

Tables

  • 表格标题：要中心明确、简明扼要。
  • 脚注：规范
  • 形式：三线表

Figures

图的类型

  1. Primary evidence: 一手资料图，比如影像图（跑胶/荧光等）
  2. Graphs: 展示数据的图，比如Line/Bar/Scatter等。
  3. Drawing and diagrams: 展示模型或者流程之类的图。

Tips

  • 图的标题和图注要能让读者不需要看原文就能完全明白图的意思。
  • 图要尽量简单，让读者容易看懂。
  • 如果图表展示的数据过于复杂，改用表格。
  • 除了图之外，在必要的情况下也可以使用视频。

Results

结果部分不只是对原始数据的简单重复，而应该总结图表中的数据，包括指出数据关系、整体趋势，引用图表中的数据进行说明。

Tips

  • 结果分块陈述
  • 对原始数据的补充说明：比如，指出图中未出现的明确数值；指出表格中差异的百分比等。
  • 强调图表中出现的重点数值。

时态

  • 对于已完成的动作（包括实验、分析等）使用过去式
    • we found …
    • we downloaded …
  • 对于持续为真的断言使用现在式
    • figure/table shows …
    • data suggest …
    • the findings confirm …
    • we believe that …

语态

结果部分应该使用主动语态。

Methods (and Materials/Data)

Tips

  • 给出清晰的方法全览
  • 给出足够的信息，使得能够重复研究
  • 全面并且易读
    • 分块陈述
    • 对于常用的方法不必详述，直接引用参考。
    • 必要时可以用流程图帮助描述方法

时态

和 结果部分时态 一致。

语态

方法部分可以更自由的使用主动或被动语态，缩写也可以自由使用。

Introduction

引言部分应该专注于文章特定的主题，不要泛谈。引言部分的写作要求是陈述清晰、文字简洁、逻辑流畅。
通常引言部分可以分三小段陈述。

  1. what’s known: 阐述研究背景，即目前已知的研究结果。
  2. what’s unknown (limitations/gaps): 阐述目前研究的局限性。
  3. your project: 阐述你的项目：
    (1) 提出你要解决的问题/假设
    (2) 提出解决问题的方法
    (3) 强调你的创新/研究意义等

Discussion

讨论是最自由也是最具有挑战性的部分，在此部分可以充分发挥你的文笔。
讨论部分一般可以按照以下几个模块展开：

  1. key findings：首先阐述本研究解决了引言中提出的问题（we found that …）；然后在高层次水平解释实验数据如何支持结果，并阐述这些发现的创新性。
  2. secondary findings: (optional).
  3. context：对于一些不想在引言陈述的内容，可以在此讨论。比如：
    • 对于研究的发现，给出可能的机制解释。
    • 和其他研究比较，讨论支持/反对别人的结果
  4. strength and limitations：预测读者可能的质疑并作出回应，解释研究的稳健性。
  5. what’s the next：指出未解决的问题和未来的方向。
  6. implicate/speculate/recommend：讨论本研究的意义。
  7. strong conclusion: 再次强调本研究的亮点。

Tips

  • 充分发挥好文笔
  • 首尾强调研究亮点
  • 不要超出自己的研究结果进行讨论
  • 局限性讨论要具体，不要泛泛而谈
  • 确保亮点的表述清晰且一致

Abstract

摘要是对全文的预览，就是对文章其他部分内容的凝练。可以按照以下顺序展开：

  1. 从背景引入主题
  2. 提出问题/目标/假设
  3. 实验内容
  4. 结果（关键发现）
  5. 结论（回答了什么问题）
  6. 研究意义/建议

每个部分用一两句话总结凝练，不要超过字数要求。

其他问题：学术规范/权益/投稿

剽窃

剽窃/抄袭是学术不端行为，包括复制、稍微修改别人的论文，以及抄袭网站内容等。
为了避免抄袭，在引用别人的工作时，要注意以下几点：

  • 必须完全理解别人的结果
  • 按照自己的理解，陈述别人的工作并标注引用
  • 避免直接复制别人的文字

最后要注意自我抄袭/复制问题，这与抄袭别人是相同性质，而且出现几率不低。主要表现形式有一个研究结果写多篇文章和一稿多投。

论文作者/致谢

论文作者应该对论文的内容承担责任。因此，只有对论文内容有贡献且熟悉论文，并能够为此承担责任的人才能作为论文作者。
论文的作者顺序应该按照论文贡献程度确定，一般为：第一位为论文工作的主要完成人；最后一位为研究组的负责人；中间的作者按照贡献排列；对于一些组织合作项目，可以将组织名称作为作者名。
致谢部分首先要致谢研究资助来源，然后致谢对研究有贡献但没有成为论文作者的人。

投稿过程

完成论文写作后，要开始进行投稿。投稿前先要确定目标期刊，根据自己的研究领域和研究结果的重要程度，选择合适的期刊进行投稿。确定好目标期刊后，进入网站根据指引完成相关注册，根据手稿格式要求提交手稿。此外，还需要根据要求提交所有作者的版权声明。
投稿的结局一般有4种：

  1. Accepted: 接受，恭喜你一次通过！
  2. Accepted pending minor revisions: 小修，同样恭喜你，只需要根据反馈稍微修改。
  3. Rejected but re-submission possible (revision/re-submit): 拒绝，但不要灰心，如果按照编辑/审稿人建议修改论文后，还有机会重新投稿。
  4. Rejected and no re-submission possible: 凉了，根据反馈反思一下自己的论文，准备换期刊投稿。

第3种结局应该是经常遇到的，虽然被拒绝了，但是还有重新投稿并被录用的可能，所以不要气馁，认真审阅审稿人的意见并作出修改。除了修改论文，再次投稿的时候还需要提交一封cover letter. Cover letter的写作要注意以下几点：

  • 礼貌回应
  • 要克制被怼的情绪，即使审稿人搞错了，也要耐心解释
  • 逐点回应
  • 认真思考审稿人的意见，提升论文水平

cover letter的一般写法：

Dear Dr. Editor,
We appreciate your helpful comments and those of the reviewers. We feel that the manuscript is now greatly improved.
We have made revisions based on the comments/suggestions of Reviewers 1 and 2. The comments of each reviewer are numbered below, with our response (clarifications and changes) following.
Reviewer 1:
(1)comments…
response…
(2)…
…

论文被接受后，将会进行final proof校对，这是出版前的最后校对，一定要仔细查看各种细节。

结束语

搞好写作很重要！

About 60% of reviewers criticisms pertain to the quality of the writing or tables and graphs; and about 40% pertain to the quality of the scientific work.

最后，感谢 斯坦福大学医学院 和 埃米编辑 提供的课程视频！

（2020.4.11完）