R语言学习笔记

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杂记

  • substitute()和get()函数

形如library()/require()这样的函数，参数可以为非字符串（如“ggplot”可以写成ggplot）,
而在其他语言（如java/python等）看来是一个变量。因此，在默认情况下，调用require(x)
意味着require(‘x’)，而不是x这个变量代表的字符串值。通过查看require的源码可以发现，
它含有这样一个判断：

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function (package, lib.loc = NULL, quietly = FALSE, warn.conflicts = TRUE,
  character.only = FALSE)
{
  if (!character.only)
    package <- as.character(substitute(package))
  ...

如果character.only为False(默认情况)，他就会把package字符串化，而不是一个变量。
而如果我们设置character.only为True，package就可以作为变量引用。
此过程中的关键在于，函数为substitute()：可以返回变量的名字（“name”类型），替换变量所绑定的值。
与其相反的函数get()可以获取字符串所代表的变量。

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## EXAMPLE:
> x="ab"
> y=substitute(x)
> mode(x)
[1] "character"
> x
[1] "ab"
> mode(y)
[1] "name"
> y
x
> as.character(y)
[1] "x"

library() 和 require() 的区别：如果一个包不存在，执行到library将会停止执行，
require则会继续执行，并且返回是否加载成功的Boolean类型值。因此，require()
可以通过判断是否加载成功包来执行响应操作，如安装包。

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## EXAMPLE:
if(!require('ggplot2')){
    install.pacakge('ggplot2')
    library('ggplot2')
}
  • read.table() 踩坑笔记

最近在读一个基因文件时，设置header=TRUE，但发现都进来的基因名称发生了变化，如HLA-E，变成了HLA.E，后来查看了函数文档才发现，
有一个参数check.names,默认为TRUE,而指定为FALSE之后，就不会改变原来的名称了。

  • R中的稀疏矩阵

数据类型dgCMatrix (Matrix包)，构造sparseMatrix()。dgCMatrix的数据组成：

R面向对象编程